Dodici anni fa, presso il villaggio della Foglia comparve una Volpe a Nove Code. La sua coda era in grado di causare tremende distruzioni. Fortunatamente un ninja riuscì a sigillare questo formidabile nemico. Anche se la Volpe era sigillata, egli dovette sacrificarsi. Si trattava del “Quarto Hokage” del villaggio della Foglia.
Il piccolo Naruto, all'epoca nella culla, fu usato come “contenitore” della Volpe. Cresciuto senza genitori, Naruto ha sempre usato le marachelle per attirare l'attenzione di tutti. Ma tutti si dimostravano freddi verso di lui per via di quel terribile segreto.
Per ottenere il riconoscimento di tutti, decise di diventare il Quinto Hokage del villaggio. Incoraggiato dal maestro Iruka e guidato da Kakashi, inizia il suo percorso da ninja insieme a Sakura e Sasuke nella squadra sette.
Il giocatore impersona un genin della Foglia e va all'avventura insieme a Naruto.
Nel gioco è possibile reclutare nella propria squadra un grande numero di ninja provenienti dall’anime di Naruto e combattere insieme a loro. I legame tra i ninja si manifestano nel gioco attraverso il sistema di COMBO. Ogni giocatore potrà provare in prima persona il senso di avventura del mondo di Naruto, e scrivere questa avvincente storia insieme a tanti altri ninja!